Výskum na našej katedre je zameraný na štúdium rezistencie patogénnych baktérií a kvasiniek proti antimikróbnym látkam, identifikáciu a typizáciu, fyziológiu, biochémiu a genetiku mikroorganizmov. Skúmajú sa aj rôzne aspekty života mikroorganizmov v komunite (biofilme) ako sú komunikácia, adaptácia na nepriaznivé podmienky, imunomodulačné vlastnosti povrchových antigénov a ich úloha v adherencii na živé aj neživé povrchy.

Výskum laboratória molekulárnej mikrobiológie je zameraný na funkčnú a komparatívnu genomiku patogénnych a nepatogénnych druhov kvasiniek so zreteľom na odhalenie molekulárnych mechanizmov, ktoré vedú k vzniku rezistencie kvasiniek na antifungálne látky. Skúma sa tiež schopnosť rôznych prírodných zlúčenín zvýšiť účinnosť antifungálnych zlúčenín bežne používaných v terapii mykotických infekcií.

Výskum v oblasti virológie je zameraný na štúdium herpetických vírusov na úrovni populácie živočíchov, experimentálne infikovaného organizmu ako aj infikovanej bunky s cieľom charakterizovať ekologické, epidemiologické, biologické, patogenetické, imunologické a molekulárno-biologické vlastnosti vírusov. Ako model výskumu sa používa myšací lymfotropný gamaherpesvírus, na základe jeho vysokej homológie s genómom ľudského onkogénneho vírusu Epsteina a Barrovej. Modelový vírus slúži na štúdium patogenézy a imunológie experimentálne infikovaných laboratórnych myší, na sledovanie dlhodobého prežívania vírusu v organizme ako aj na vznik nádorov. Na molekulárnej úrovni sa študujú vírus špecifické gény vo vzťahu k virulencii, patogenite a onkogenicite vírusu. Ďalej sa študuje rozšírenie vírusu vtáčej chrípky na území Slovenskej republiky, testujú sa antivírusové účinky interferónov III.typu na klinicky významných vírusoch, ako aj evolúcia endogénnych retrovírusov.