Výskum na našej katedre je zameraný na štúdium rezistencie patogénnych baktérií a kvasiniek proti antimikróbnym látkam, identifikáciu a typizáciu, fyziológiu, biochémiu a genetiku mikroorganizmov. Skúmajú sa aj rôzne aspekty života mikroorganizmov v komunite (biofilme) ako sú komunikácia, adaptácia na nepriaznivé podmienky, imunomodulačné vlastnosti povrchových antigénov a ich úloha v adherencii na živé aj neživé povrchy.
Výskum laboratória molekulárnej mikrobiológie je zameraný na funkčnú a komparatívnu genomiku patogénnych a nepatogénnych druhov kvasiniek so zreteľom na odhalenie molekulárnych mechanizmov, ktoré vedú k vzniku rezistencie kvasiniek na antifungálne látky. Skúma sa tiež schopnosť rôznych prírodných zlúčenín zvýšiť účinnosť antifungálnych zlúčenín bežne používaných v terapii mykotických infekcií.
Výskum v oblasti virológie je zameraný na štúdium herpetických vírusov na úrovni populácie živočíchov, experimentálne infikovaného organizmu ako aj infikovanej bunky s cieľom charakterizovať ekologické, epidemiologické, biologické, patogenetické, imunologické a molekulárno-biologické vlastnosti vírusov. Ako model výskumu sa používa myšací lymfotropný gamaherpesvírus, na základe jeho vysokej homológie s genómom ľudského onkogénneho vírusu Epsteina a Barrovej. Modelový vírus slúži na štúdium patogenézy a imunológie experimentálne infikovaných laboratórnych myší, na sledovanie dlhodobého prežívania vírusu v organizme ako aj na vznik nádorov. Na molekulárnej úrovni sa študujú vírus špecifické gény vo vzťahu k virulencii, patogenite a onkogenicite vírusu. Ďalej sa študuje rozšírenie vírusu vtáčej chrípky na území Slovenskej republiky, testujú sa antivírusové účinky interferónov III.typu na klinicky významných vírusoch, ako aj evolúcia endogénnych retrovírusov.
Na Katedre mikrobiológie a virológie sa venujeme aj analýze ľudského mikrobiómu s využitím molekulárnej biológie, bioinformatických analýz, bioštatistiky a umelej inteligencie ako aj štúdiu komunikácie hostiteľ-mikrobióm. Zameriavame sa na odhalenie potenciálu mikroorganizmov ako biomarkerov neprenosných aj prenosných ochorení a zmien v ľudskom organizme, ktoré s nimi súvisia. Využívame namodernejšie sekvenačné a omics prístupy.